制备组织微阵列(TMA)石蜡块，包含来自每个肿瘤的1mm切片(N= 40)。然后，从TMA块获得5 mm FFPE组织切片，并在成像区域内应用到Xenium载玻片上；将该部分脱蜡并透化以使mRNA可接近。mRNAs被一组定制设计的探针(n=100)靶向。探针杂交在50℃下进行过夜，探针浓度为10 nM。在严格洗涤以去除未杂交的探针后，探针在37℃连接两小时，在此期间进行滚环扩增。然后对环化的探针进行酶促扩增，为每个RNA结合事件产生基因特异性条形码的多个拷贝。洗涤后，背景荧光被化学猝灭。然后将xenium载玻片放入成像盒中，以装载到xenium分析仪上。我们使用了一个定制设计的包含100个基因的面板，这些基因是基于以前的研究选择的，这些研究使用单细胞转录组在MMTV PYMT模型上研究肿瘤微环境细胞组成和分布，包括使用保守标记来识别细胞群，如:上皮细胞(腔/基底)、巨噬细胞、T细胞、NK细胞、内皮细胞和成纤维细胞

制备组织微阵列(TMA)石蜡块，包含来自每个肿瘤的1mm切片(N= 40)。然后，从TMA块获得5 mm FFPE组织切片，并在成像区域内应用到Xenium载玻片上；将该部分脱蜡并透化以使mRNA可接近。mRNAs被一组定制设计的探针(n=100)靶向。探针杂交在50℃下进行过夜，探针浓度为10 nM。在严格洗涤以去除未杂交的探针后，探针在37℃连接两小时，在此期间进行滚环扩增。然后对环化的探针进行酶促扩增，为每个RNA结合事件产生基因特异性条形码的多个拷贝。洗涤后，背景荧光被化学猝灭。然后将xenium载玻片放入成像盒中，以装载到xenium分析仪上。我们使用了一个定制设计的包含100个基因的面板，这些基因是基于以前的研究选择的，这些研究使用单细胞转录组在MMTV PYMT模型上研究肿瘤微环境细胞组成和分布，包括使用保守标记来识别细胞群，如:上皮细胞(腔/基底)、巨噬细胞、T细胞、NK细胞、内皮细胞和成纤维细胞