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Prepare the GCT gene expression file such that identifiers are in the form of Ensembl IDs, but without the version suffix, e.g., ENSG00000139618. For RNA-Seq data, you will need normalize and filter out low count measurements, and perform other preprocessing as needed. Consult your local bioinformatician for help if unsure. Load the GCT and corresponding CLS files into GSEA. Choose gene sets to test—we usually recommend starting with the Hallmarks collection. Choose the CHIP file that matches the identifiers in the GCT file: - Human_ENSEMBL_Gene_ID_MSigDB.vX.chip => Ensembl ID prefix ENSG - Mouse_ENSEMBL_Gene_ID_MSigDB.vX.chip => Ensembl ID prefix ENSMUSG - Rat_ENSEMBL_Gene_ID_MSigDB.vX.chip => Ensembl ID prefix ENSRNOG
Prepare the GCT gene expression file such that identifiers are in the form of Ensembl IDs, but without the version suffix, e.g., ENSG00000139618. For RNA-Seq data, you will need normalize and filter out low count measurements, and perform other preprocessing as needed. Consult your local bioinformatician for help if unsure. Load the GCT and corresponding CLS files into GSEA. Choose gene sets to test—we usually recommend starting with the Hallmarks collection. Choose the CHIP file that matches the identifiers in the GCT file: - Human_ENSEMBL_Gene_ID_MSigDB.vX.chip => Ensembl ID prefix ENSG - Mouse_ENSEMBL_Gene_ID_MSigDB.vX.chip => Ensembl ID prefix ENSMUSG - Rat_ENSEMBL_Gene_ID_MSigDB.vX.chip => Ensembl ID prefix ENSRNOG
句法分析
733/5000

准备GCT基因表达文件,使标识符的形式为Ensembl IDs,但没有版本后缀,例如ENSG00000139618。对于RNA-Seq数据,您需要归一化和过滤掉低计数测量,并根据需要执行其他预处理。如果不确定,请咨询您当地的生物信息学家。加载GCT和相应的CLS文件到GSEA。选择要测试的基因组——我们通常建议从Hallmarks集合开始。选择与GCT文件中的标识符匹配的芯片文件:-Human _ ENSEMBL _ Gene _ ID _ MSI gdb . VX . CHIP = > ENSEMBL ID前缀ENSG-Mouse _ ENSEMBL _ Gene _ ID _ MSI gdb . VX . CHIP = > ENSEMBL ID前缀ens musg-Rat _ ENSEMBL _ Gene _ ID _ MSI gdb . VX . CHIP = > ENSEMBL ID前缀ENSRNOG

准备GCT基因表达文件,使标识符的形式为Ensembl IDs,但没有版本后缀,例如ENSG00000139618。对于RNA-Seq数据,您需要归一化和过滤掉低计数测量,并根据需要执行其他预处理。如果不确定,请咨询您当地的生物信息学家。加载GCT和相应的CLS文件到GSEA。选择要测试的基因组——我们通常建议从Hallmarks集合开始。选择与GCT文件中的标识符匹配的芯片文件:-Human _ ENSEMBL _ Gene _ ID _ MSI gdb . VX . CHIP = > ENSEMBL ID前缀ENSG-Mouse _ ENSEMBL _ Gene _ ID _ MSI gdb . VX . CHIP = > ENSEMBL ID前缀ens musg-Rat _ ENSEMBL _ Gene _ ID _ MSI gdb . VX . CHIP = > ENSEMBL ID前缀ENSRNOG

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  • 重点词汇
  • gene expression

    基因表达;基因的表达;基因表现方式;基因的表现模式

  • such that

    以至于;导致;结果是;如此以致;是这样…以致;使得满足…的条件

  • suffix

    词尾;后缀;结尾附加物;添加在词尾;附加;把…附在后头;加…作后缀

  • normalize

    使标准化;使正常化;使规范化;使关系正常化;使适应规范;使回归常态

  • filter out

    过滤掉;滤掉;滤除;筛选掉;去除;屏蔽掉(噪音、干扰等);逐渐消失

  • as needed

    按需;必要时;视需要而...

  • bioinformatician

    生物信息学者

  • unsure

    犹豫不决的;缺乏自信;不确定的;无把握的;未经证实的;摇摆不定的

  • hallmarks

    标志;特征;特点;(hallmark的复数);给…打上纯度印记;标明…具有优秀品质;标明…具有某种特征;(hallmark的第三人称单数)

  • prefix

    前缀(置于单词前以改变或修饰其意义);词头;字首;数词前缀;前置代号(置于前面的单词或字母、数字);给…加前缀;在…前面附加;预先安排;先行安置

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